Después de un juicio de 16 meses que incluyó el testimonio de más de 100 testigos y expertos, más miles de páginas de sumario y varias horas de grabación audiovisual, en abril de 2009, un panel de tres jueces condenó al ex presidente peruano Alberto Fujimori por violaciones masivas de los derechos humanos y lo sentenció a 25 años de prisión.
El veredicto "es realmente un hito en la lucha contra la impunidad en la región", dijo Jo-Marie Burt, beneficiaria de las Fundaciones para una Sociedad Abierta y profesora de ciencias políticas de la Universidad George Mason que presenció el proceso. "Es la primera vez que un jefe de estado elegido democráticamente en América Latina ha sido declarado culpable de cometer delitos de lesa humanidad. Perú está demostrando a América Latina y al mundo que es posible hacer justicia".
Dos organizaciones peruanas de derechos humanos que cuentan con el apoyo de las Fundaciones para una Sociedad Abierta, la Asociación Pro Derechos Humanos en Perú (APRODEH) y el Instituto de Defensa Legal (IDL), pusieron abogados a disposición de la fiscalía y ofrecieron asesoramiento legal a las víctimas que suministraran pruebas clave.
Se debatía el asunto de si Fujimori, quien se había desempeñado como presidente de 1990 a 2000, era responsable de una serie de asesinatos perpetrados por un escuadrón de la muerte dentro del servicio de inteligencia del ejército.
En el fallo sin precedentes, los jueces del Tribuna Supremo rechazaron el alegato de Fujimori de que era un presidente en tiempos de guerra que actuó únicamente para terminar con la brutal sublevación de la guerrilla. Por el contrario, los jueces sostuvieron que Fujimori diseñó y dirigió personalmente una estrategia antiguerrillera de dos niveles que combinaba una campaña pública contra los grupos guerrilleros con un programa secreto de asesinatos.
El tribunal llegó a la conclusión de que el gobierno de Fujimori actuó para cubrir su participación en los asesinatos.
La condena de Fujimori (confirmada en enero de 2010 por la Corte Suprema de Perú) fue un modelo de debido proceso y transparencia en una región en la que la justicia frecuentemente se ve manchada por el favoritismo y la corrupción. Los abogados del ex presidente no sólo contaron con mucho tiempo para presentar e interrogar testigos, sino que también presentaron una gran cantidad de pruebas documentales y audiovisuales. Los medios peruanos e internacionales tuvieron acceso al proceso. La televisión y las estaciones de radio retransmitieron gran parte del juicio en vivo.
A fin de fomentar el debate informado, el Instituto Praxis para la Justicia Social, otro beneficiario de las Fundaciones para una Sociedad abierta, publicó un blog bilingüe (español e inglés) para ofrecer noticias de última hora, publicaciones de observadores internacionales, análisis legal, historias de víctimas y enlaces a documentos relevantes. Los cuatro beneficiarios colaboraron durante el proceso para informar el debate a través de conferencias, análisis políticos y legales, contacto con los medios y misiones de observación internacionales.